Fue construido reinando los nazaríes, con anterioridad a 1336, y su nombre original era Al-Funduq al-Gidida, o Alhóndiga Nueva. Situada al sur de la ciudad, junto al mercado de la seda o Alcaicería, al zoco de la Medina, y a la Mezquita Mayor, servía de posada para los comerciantes en tránsito, de almacén y de mercado al por mayor. Un pequeño puente sobre el rio Darro comunicaba la Alhóndiga con el zoco.

En 1494 los Reyes Católicos lo concedieron a Sancho de Arana. A su muerte (1531) salió a subasta, usándose hospedaje de carboneros, más tarde como corral de comedias (hasta 1593) y luego, casa de vecinos. Fue declarado Monumento Histórico-Artístico Nacional en 1918, pero estuvo amenazado de derribo hasta que fue adquirido por el Estado en 1933, cuya restauración encargó a Leopoldo Torres Balbás. En 1992 volvió a ser restaurado por el arquitecto Rafael Soler Márquez, aunque se mantuvieron algunos desperfectos que no fueron corregidos hasta otra restauración, finalizada en noviembre de 2006